Nel 2003, la dott.ssa Serena Kogan di Cyberdyne Systems convince il detenuto nel braccio della morte Marcus Wright a firmare il suo corpo per la ricerca medica in seguito alla sua esecuzione. Qualche tempo dopo, il sistema Skynet automatizzato viene attivato e diventa autocosciente; percependo gli umani come una minaccia alla sua esistenza, inizia un olocausto nucleare per sradicarli nell'evento noto come "Judgment Day".