L'ex direttore dello S.H.I.E.L.D. Nick Fury ritorna sulla Terra dopo aver scoperto una cospirazione a opera di un gruppo di Skrull guidati da Gravik, che cerca di salvare il suo popolo sfruttando le risorse della Terra e le capacità mutaforma degli Skrull per infiltrarsi usando un ex sito militare russo dove venivano testate armi nucleari, sostituendo gli umani nelle più alte posizioni di potere. Per fermare Gravik e salvare l'umanità, Fury si ritrova solo contro tutti e decide di contare sull'aiuto dell'ex agente CIA Everett K. Ross, della fidata collaboratrice Maria Hill e del leader Skrull Talos - con cui ha un segreto rapporto da tempo.